Ukończył studia magisterskie i następnie doktoranckie na Uniwersytecie Warszawskim. Zajmował się psychoterapią, uzyskując licencję terapeuty i trenera oraz superwizora treningu i psychoterapii Polskiego Towarzystwa Psychologicznego. Założył Laboratorium Psychoedukacji i Wydawnictwo Jacek Santorski & Co (w 2009 przemianowane na Wydawnictwo Czarna Owca), które to firmy zostały później przekazane jego wspólnikom. W drugiej połowie lat 90. zajął się prowadzeniem działalności jako konsultant przedsiębiorców w zakresie psychologii biznesu. Został współwłaścicielem firmy doradczej Grupa Firm Doradczych VALUES i Laboratorium Psychologii Zdrowia prowadzącego szkolenia dla lekarzy. Od 2010 jest dyrektorem programowym Akademii Psychologii Przywództwa, autorskiego programu dla menedżerów stworzonego wspólnie z prof. Witoldem Orłowskim. Profesor honorowy Szkoły Biznesu Politechniki Warszawskiej. W latach 2012–2014 był członkiem Rady Gospodarczej przy Prezesie Rady Ministrów. Jacek Santorski jest żonaty z Małgorzatą, ma trzech synów.